تم إحداث مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة التي يترأسها أمير المؤمنين جلالة الملك محمد السادس أعزه الله، بموجب الظهير الشريف 1.15.75 الصادر في7 رمضان 1436هـ(24 يونيو2015م)؛ وبموجب الظهير الشريف 1.16.81 الصادر في 16 رمضان 1437هـ(22 يونيو 2016م) تم تحويل مقر المؤسسة إلى مدينة فاس.
ومنذ التأسيس توالى إرساء آليات اشتغالها، ومن ذلك:
- تعيين رئيسها المنتدب في شخص السيد أحمد التوفيق، وزير الأوقاف والشئون الإسلامية؛
- تعيين أمينها العام في شخص السيد محمد رفقي؛
- تعيين مديرها المالي في شخص السيد ناصر بوسبع؛
- تكوين اللجنة الخماسية المنصوص عليها في الظهير للتكوين الأولي للمجلس الأعلى للمؤسسة؛
- قيام هذه اللجنة باختيار أعضاء المجلس الأعلى.
وقد نصت المادة الرابعة من الظهير الشريف 1.15.75 على الأهداف التي تسعى مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة إلى تحقيقها وهي التالية:
- توحيد وتنسيق جهود العلماء المسلمين، بكل من المغرب وباقي الدول الإفريقية، للتعريف بقيم الإسلام السمحة ونشرها وترسيخها؛
- القيام بمبادرات في إطار كل ما من شأنه تفعيل قيم الدين السمحة في كل إصلاح تتوقف عليه عملية التنمية في إفريقيا سواء على مستوى القارة أو على صعيد كل بلد؛
- تنشيط الحركة الفكرية والعلمية والثقافية في المجال الإسلامي؛
- توطيد العلاقات التاريخية التي تجمع المغرب وباقي دول إفريقيا والعمل على تطويرها؛
- التشجيع على إقامة المراكز والمؤسسات الدينية والعلمية والثقافية؛
- إحياء التراث الثقافي الإفريقي الإسلامي المشترك من خلال التعريف به ونشره والعمل على حفظه وصيانته؛
- ربط الصلات وإقامة علاقات التعاون مع الجمعيات والهيئات ذات الاهتمام المشترك.
الظهائر الشريفة
- الظهير الشريف 1.15.75 الصادر في7 رمضان 1436هـ(24 يونيو2015م) بإحداث مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة
- الظهير الشريف رقم: 1.16.81 الصادر في 16 رمضان 1437هـ(22 يونيو 2016م) بتغيير الظهير الشريف رقم: 1.15.75، والذي نص على أن مقر مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة بالمملكة المغربية بمدينة فاس.